Die sequentiellen Versuchspläne von Schaie (1965) bergen jedoch auch eine Reihe von Problemen:
Konfundierung der Einflussgrößen: Die drei Einflussgrößen lassen sich nicht unabhängig voneinander erfassen, sondern sind mathematisch immer mit einer anderen
Einflussgröße konfundiert. Beispielsweise sind die in Tab. 4 eingezeichneten Alterseffekte zwischen 60- und 80-jährigen Personen der Kohortensequenzmethode mit dem Testzeitpunkt vermengt.
Während die 60-jährigen Probanden in den Jahren 1940 bis 1980 untersucht werden, stellen die Jahre 1960, 1980 und 2000 die
Testzeitpunkte für die 80-jährigen Versuchsteilnehmer dar. Will man die Konfundierung mit dem Testzeitpunkt vermeiden, so
könnte man etwa auch bei den 60-jährigen die Datenerhebung in den Jahren 1960 bis 2000 durchführen. Dies würde allerdings
zu einer Konfundierung zwischen Alters- und Kohorteneffekten führen, da sich die Geburtsjahrgänge der 60- und 80-jährigen
Personen voneinander unterscheiden würden. 60-jährige Probanden würden dann den Geburtsjahrgängen 1900 bis 1940, 80-jährige
hingegen den Jahrgängen 1880 bis 1920 angehören (vgl. Tab. 4).
Spekulative Erklärungen: Baltes (1967) weist darauf hin, dass die Verknüpfung Schaies (1965) der drei Einflussgrößen Alter, Kohorte und Testzeitpunkt
mit inhaltlichen Erklärungen spekulativ seien und erst in empirischen Studien überprüft werden müssten. So seien etwa Alterseffekte
bei Personen nicht zwingend Ausdruck neurophysiologischer Reifungsprozesse, die in der untersuchten Lebensspanne aufgetreten
sind. Gleiches gilt für die Verknüpfung zwischen Kohorteneffekten und unterschiedlichen Umweltbedingungen vor dem ersten Testzeitpunkt
bzw. genetischen Unterschieden zwischen den Probanden unterschiedlicher Geburtsjahrgänge. Auch die Erklärung von Testzeiteffekten
durch gemeinsame Umweltbedingungen aller Personen bzw. allgemeine Umweltveränderungen wird als spekulativ betrachtet.
Hoher Aufwand: Die Durchführung der Sequenzmodelle - insbesondere der Kohortensequenzmethode - ist mit einem hohen (zeitlichen) Untersuchungsaufwand
verbunden. Dies kann beispielsweise für Wissenschaftler und Geldgeber von Nachteil sein, da diese möglichst rasch auf die
Ergebnisse der Gesamtuntersuchung zurückgreifen möchten (z.B. zur zügigen Veröffentlichung der Befunde). Aufgrund des hohen
Aufwandes sind bisher nur relativ wenige Untersuchungen auf Grundlage der sequentiellen Versuchspläne von Schaie (1965) durchgeführt
worden. In der Entwicklungspsychologie dominieren nach wie vor Querschnittsuntersuchungen.